Počátky i pozdější vývoj tzv. historických knižních fondů (tj. knih do roku 1800) dnešní Vědecké knihovny v Olomouci jsou úzce spjaty s dějinami olomoucké univerzity. Ta byla v Olomouci zřízena v roce 1566 z popudu olomouckého biskupa Viléma Prusinovského z Víckova.
Ještě téhož roku započaly práce na postupném budování nezbytné knihovny. Základ knihovny tvořily zejména dary samotného biskupa, kanovníků, zemských úředníků a měšťanů. Mimořádné přírůstky i ztráty čekaly knihovnu v době tzv. třicetileté války. Jezuity spravovaná univerzita i samotná knihovna se nejprve mohla těšit z hojných konfiskátů, načež utrpěla jen těžce nahraditelné ztráty, způsobené osmiletým pobytem Švédů v Olomouci (1642-1650).
K opětovnému skokovému nárůstu fondu došlo v 70. a 80. letech 18. století v souvislosti se zrušením jezuitského řádu a rušením klášterů za Josefa II. K poslednímu velkému navýšení historického fondu došlo v 50. letech 20. století vlivem dalšího rušení klášterů a jiných církevních institucí.
Dnes tedy historické fondy Vědecké knihovny v Olomouci tvoří 1 452 rukopisů (z nich 401 středověkých), téměř 2 000 prvotisků a přes 65 000 starých tisků, Fond tak patří mezi nejrozsáhlejší a nejvzácnější knižní sbírky v České republice.